認定NPOの税制優遇は3方向——寄附した個人、寄附した法人、そして法人自身（みなし寄附金は所得の50%か200万円の多いほう）

優遇は3方向に効きます

認定NPO法人になると税制優遇が受けられる、とよく言われます。中身を分けると3つの方向があります。

寄附を集めるための制度だと思われがちですが、3つめは法人自身の法人税に効くものです。収益事業を行っている法人ほど効いてきます。

みなし寄附金——自分の中のお金の移動が、寄附になる

認定NPO法人が、その収益事業に属する資産のうちから、収益事業以外の事業で特定非営利活動に係る事業に支出した金額は、その収益事業に係る寄附金の額とみなされます。これがみなし寄附金です（制度。香川県の案内。2026年9月21日確認）。

損金算入の限度額は、所得金額の50%または200万円のいずれか多い額までの範囲です。そして特例認定NPO法人には適用されません。

具体的にいうと、物販や受託事業などの収益事業で利益が出て、その資金を本来の特定非営利活動（たとえば無料の相談事業や居場所づくり）に回した場合、その支出を寄附金とみなして、収益事業の所得から差し引けるということです。外部に寄附したわけではなく、自分の団体の中でお金を動かしただけなのに、税務上は寄附と同じ扱いになります。

寄附した個人は、2つの控除から選べます

個人が認定NPO法人等に対し、その法人が行う特定非営利活動に係る事業に関連する寄附（寄附をした者に特別の利益が及ぶと認められるものを除きます）をした場合、次のいずれか有利なほうを選択できます。

• 寄附金控除（所得控除）——その年中に支出した特定寄附金の額の合計額から2千円を控除した金額を、その年分の総所得金額等から控除します。
• 認定NPO法人等寄附金特別控除（税額控除）——寄附金の額の合計額から2千円を控除した金額の40%相当額を、その年分の所得税額から控除します。

加えて、都道府県・市区町村が条例で個別に指定した寄附金については、個人住民税の税額控除を受けられます。算式は（寄附金−2千円）×10%で、寄附金の合計は総所得金額等の30%相当額が限度とされています（地方税法第37条の2、第314条の7）。

寄附を呼びかけるときに、「税額控除なら、2千円を超えた分の約4割が戻ります」と説明できるかどうかで、相手の受け止めは変わります。制度を知っているのは法人側の仕事です。

認定・特例認定・条例指定は、別の制度です

混同されやすいので整理しておきます。

認定の基準は8項目（PST、活動の対象、運営組織・経理、事業活動、情報公開、事業報告書等の提出、不正行為等がないこと、設立後1年超）で、特例認定はこのうちPSTが免除される形です（制度。相模原市の制度説明資料。2026年9月21日確認）。

そしてみなし寄附金は特例認定には適用されません。特例認定の3年間は「寄附者側の優遇は使えるが、法人自身の優遇は本認定から」と整理しておくと分かりやすくなります。

税務は税理士、制度設計は行政書士

ここまでの内容は制度の説明です。実際の申告や損金算入の計算は税理士の業務ですので、具体的な金額の判断は顧問税理士にご確認ください。当事務所では、認定を取るための要件の整理、寄附者名簿や情報公開の体制づくり、所轄庁への申請書類をお手伝いしています。

実務の順番としては、会計の区分を整える → 寄附の受け方と記録を整える → PSTの見通しを立てる → 認定申請となります。税制優遇は認定を取ったあとの話ですが、取るための準備は会計と記録から始まります。そこは制度側の設計なので、行政書士がお役に立てる部分です。